La trama di Air viene spezzata in due linee temporali differenti, una ambientata nel 2000 e una ambientata 1000 anni prima. La particolarità dell'opera è che non ci vengono presentate in ordine cronologico, andando così a complicare l'intreccio rendendo la storia maggiormente avvincente e misteriosa.
L'opera si apre con il giovane Yukito che si guadagna da vivere viaggiando di villaggio in villaggio eseguendo un numero di magia con un pupazzo regalatogli da sua madre. La donna, prima di morire, gli disse inoltre che avrebbe dovuto salvare la ragazza alata dal suo destino. In uno dei villaggi Yukito incontra Misuzu Kamio, una ragazza allegra e sbadata che vive con la madre. La giovane non ha amici e infine riesce a convincere Yukito a fermarsi a casa sua fino al festival del villaggio, in cui il ragazzo potrà guadagnare parecchi soldi con il suo numero. I due sviluppano una forte intesa e passano le giornate insieme. Yukito scopre così che la ragazza soffre di un male incurabile, vomito e fitte dolorose alla schiena, e che sogna sovente di volare in cielo. Yukito comprende di trovarsi di fronte alla ragazza di cui gli parlava la madre e tenterà in tutti i modi di salvarla.
Successivamente ci viene svelata l'origine del male di Misuzu affrontando la storia di Kanna, una ragazza alata vissuta mille anni prima. La sua razza, temuta dall'imperatore del Giappone viene tenuta segregata in alcuni templi. Quando la guardia del corpo di Kanna, il prode Ryūya, si innamora della giovane, le promette di farla scappare. Ma il loro amore, in base ad una vecchia maledizione, ucciderà Ryūya e costringerà Kanna a vagare nel cielo senza pace e reincarnarsi sulla terra in continuazione, rivivendo sempre la stessa sorte.
qui sotto una immy. La metto in spoiler perchè è troppo grande XDD
